Gmina Witkowo kryje w sobie wiele tajemnic i nie zbadanych dotąd historii. Nie brak tu miejsc, z którymi wiążą się zagadkowe opowieści i legendy, przekazywane z pokolenia na pokolenie. Na terenie całej gminy można znaleźć liczne ślady przeszłości. Wiemy, że we wsiach Chłądowo i Małachowo Złych Miejsc znajdują się grodziska wczesno-średniowieczne z czasów Mieszka I.

Istnienie dwóch tajemniczych osad wiąże się z Wiekowem. Pierwsza umiejscowiona jest na wzniesieniu na półwyspie Jeziora Niedzięgiel. Drugą znacznie ciekawszą odkryto na polu znajdującym się na północ od obecnej zabudowy wiejskiej. Kolejne osady odkryto w okolicach wsi Ostrowite Prymasowskie.

Świadectwem wydarzeń minionych lat są znaleziska dokumentujące te fakty np.: figurka „Izys” z brązu wykopana w miejscowości Małachowo Złych Miejsc, duży skarb monet polskich i żydowskich – brakteatów odnaleziony w Witkowie.

Historia tego obszaru sięga XII wieku. W tym czasie znana już była osada położona wśród rozległych lasów zwanych Puszczą Mokowską, na której miejscu rozwinęło się miasto Witkowo. W dokumentach po raz pierwszy nazwę miejscowości wspomniano w 1363 r. Wzmianka ta dotyczyła pochodzącego z Witkowa Marcina, plebana w Tulcach. Godne odnotowania jest również to, że w XV w. wykształcony w Akademii Krakowskiej proboszcz z Witkowa Wincenty Kot osiągnął godność arcybiskupa gnieźnieńskiego i Prymasa Polski. Ważnym momentem w historii Witkowa było uzyskanie w 1676 r. praw miejskich, a w 1684 r. przywileju organizowania jarmarków.

Ponowienie lokacji zatwierdzone przez króla Stanisława Augusta nastąpiło w 1782 r. Dzięki kronikom wiemy, że przez ten region już w XV stuleciu przebiegały ważne szlaki handlowe. W 1887 r. powołano Powiat Witkowski (istniał do 1927 r.), który oprócz Witkowa objął miasta: Czerniejewo, Mielżyn, Powidz.

Właścicielami Witkowa był wywodzący się ze Śląska, rycerski ród Korzboków, a następnie szlacheckie rodziny Spławskich, Przyjemskich, Kaczkowskich, Działyńskich, Sułkowskich, Wołłowiczów.
Piękną kartę w historii dziejów Witkowa zapisał jego dziedzic Antoni Sułkowski – późniejszy wojewoda gnieźnieński, który po pierwszym rozbiorze Polski bronił przynależności miasta do Rzeczpospolitej.

Witkowianie zawsze mieli w swoim sercu Ojczyznę i stawiali ją na pierwszym miejscu. Znani ze swojego patriotyzmu i gotowości do oddania życia w obronie kraju mieszkańcy brali udział w insurekcji kościuszkowskiej, wspierali wojska Napoleona, angażowali się także w działania wspierające powstanie listopadowe i styczniowe.

Bohaterscy mieszkańcy Witkowa uczestniczyli w przygotowaniu oraz brali udział w ciężkich walkach Powstania Wielkopolskiego. Dzielnie walczyli m.in.: w bojach o Żnin, Szublin, Rynarzewo i Nakło. Oddział liczący ponad pięćdziesięciu powstańców pod dowództwem Stanisława Połczyńskiego i Ignacego Jezierskiego przyczynił się także do zwycięstwa w trudnej batalii o Inowrocław.

W 1918 r. Witkowo zostało wyzwolone.

Miasto odzyskało niepodległość, przywrócono urzędowy język polski, polskie nazwy miejscowości oraz wprowadzono własny pieniądz powiatowy.

Po kilkudziesięciu latach Witkowo znowu musiało zmierzyć się z trudnym okresem naszej historii, jakim była II wojna światowa. Po jej wybuchu część ludności wysiedlono do Generalnej Guberni, a wiele osób trafiło do obozów koncentracyjnych oraz na przymusowe prace do Niemiec. W czasie trwania najstraszniejszej wojny w historii ludzkości ucierpiała znacznie dawna architektura Witkowa. Hitlerowcy zniszczyli wszystkie budynki i obiekty świadczące o obecności ludności żydowskiej na tym terenie. Istnieć przestały m.in.: synagoga oraz kirkut – cmentarz żydowski. Podczas wojny zginęli również zasłużeni mieszkańcy Witkowa. Proboszcz Kazimierz Kaźmierczak poniósł śmierć w obozie koncentracyjnym, a działacz ruchu oporu – Klemens Grygiel został rozstrzelany.
Witkowianie odegrali również ważne role w walce z okupantem. W oddziałach Armii Krajowej działał Adam Borys, który pełnił funkcję dowódcy batalionu „Parasol”. Zasłynął on jako organizator i wykonawca zamachu na „Kata Warszawy” – Franza Kutscherę. Drugi z mieszkańców Witkowa – Józef Skowron walczył w 300. Dywizjonie Bombowym im. Ziemi Mazowieckiej, z którym uczestniczył w lotach bojowych nad miasta niemieckie i francuskie, Ziemia Witkowska po długiej wojnie została ostatecznie wyzwolona spod okupacji hitlerowskiej 21 stycznia 1945r.

Po zakończeniu II Wojny Światowej Witkowo znalazło się w województwie poznańskim, w powiecie gnieźnieńskim. Przeprowadzona w 1975r. reforma administracyjna zmieniła przynależność Witkowa z województwa poznańskiego na województwo konińskie. Obecnie Gmina Witkowo wchodzi w skład Województwa wielkopolskiego i Powiatu gnieźnieńskiego. W 1995 r. część miejscowości z terenu gminy zostało wyłączonych, tworząc Gminę Powidz.